Halo 1
遙遠的未來……人類已經建立了龐大的星際帝國，以地球為核心的聯合國安理會統治著整個人類社會，移民者的腳步踏遍整個太陽係以及臨近的一些星系。 在星際移民的途中，人類和來自獵戶星系的異族星盟之間發生了戰爭。人類對星盟的了解甚少，只知道他們是信仰同一宗教的六七個種族（甚至更多）組成的聯盟，他們追隨自己神秘的宗教信仰，並且堅信人類探索的步伐踐踏了這種信仰，所以發誓要消滅人類。
公元2552年，人類和星盟之間的戰爭到達了熾熱期，科技相對落後的人類一直在戰爭中處於劣勢狀態。 該年人類重要的殖民星球瑞曲在星盟的突然襲擊下隕落，戰鬥中人類一艘秋風之墩號驅逐艦成功脫險，根據“科爾協議”，所有的船艦必須確保星盟不會發現地球，秋風之墩號通過“盲跳”來到一個神秘人造環狀帶“光環”附近。光環直徑長達一萬公里，內側有山、水、植物……以及和地球上一樣的氣候變化。
星盟艦隊的再次突襲使得秋風之墩號無力抵抗。 凱斯艦長果斷地命令所有人撤離到光環上面，秋風之墩號上唯一的一名斯巴達戰士約翰（熟稱“士官長”）攜帶著秋風之墩號的人工智能科塔娜一起來到了光環上。由於迫降地點的不同，士官長需要找到剩餘的人類部隊，並且營救已經被星盟俘虜的凱斯艦長。經過幾場遭遇戰，士官長成功營救出凱斯艦長，並發現了光環的神秘用途——先行者製造它並用它來困住異種虫族，而虫族是一種具備頑強生命力的寄生異種，就連高智慧的先行者都懼怕這種異種的存在。此時前往雨林地帶尋找敵人軍火庫的凱斯艦長再度失踪，士官長帶領一小隊人馬前去營救，但是與星盟、虫族陷入了三角混戰當中。 危機時刻，光環的人工智能343罪惡火花出現在士官長面前，並聲稱可以找到消滅虫族的方法。在其指示下，士官長一路撕殺將圖書館的索引器帶到了控制室核心，並開啟了光環。
意外的是，343罪惡火花所謂的消滅虫族，原來是消滅虫族的寄生體——銀河系所有生物。士官長不得已只好突出重圍，並摧毀了啟動光環必須的三個脈衝發射器。為了阻止343罪惡火花用其他方式啟動光環，士官長在科塔娜的引導下找到了已經被虫族寄生而死去的凱斯艦長，並在凱斯艦長身上得到引爆秋風之墩號核動力裝置的芯片。在摧毀了秋風之墩號的溶解反應裝置後，威力驚人的核爆摧毀了光環上的一切。士官長和科塔娜乘坐著一架長劍截擊機逃離了光環……
Halo 2
從光環爆炸中逃離出來的士官長被地球開羅空間站收回，稍作休整之後接受胡德統帥的表彰。 同時接受表彰的還有1代中凱斯艦長的女兒米蘭達指揮官。突然星盟的來襲打斷了表彰儀式，士官長和老朋友約翰遜便加入了開羅防衛戰。開羅戰役之後，人類得知星盟一個名叫“悲蒼”的先知在地球非洲坦桑尼亞的桑給巴爾島向人類發出求救信號，求救原因不明。但不管是敵是友，人類都要做出反應。士官長帶領部隊殺往地球。
在追擊“悲蒼”星盟戰艦的過程中，人類琥珀號一起圈入了空間隧道中。一陣顛簸的空間跳躍之後，琥珀號來到了一顆巨大的不明星球旁邊，一座環狀人造建築漂浮在宇宙當中。就如地球引力圈內的月亮一般，它正順著軌道在星球引力的作用下非常緩慢的移動著。整個光環的內側就猶如星球的錶殼，上面有生命所需的一切元素。士官長曾經在上一場戰役中成功摧毀一艘光環，但現在看來，這是目前為止所知道的第二座光環。整個宇宙中會有幾艘光環呢？ 2艘？ 5艘？ 100艘？士官長登陸到這個光環上，悲愴先知無時不刻都利用全息圖像傳播那套救世論：“星盟的每位成員都要走上這條路，當我們踏上朝聖之旅時。沒有人會被遺棄。這是先知從來已久的承諾。承諾即將實現！”最終士官長殺死了悲愴先知，星盟艦隊這時候攻擊遺跡，在爆炸中士官長沉入海底。
世界的另一頭。在光環爆炸之後，星盟痛失聖祭環帶﹝光環﹞，在光環廢墟旁邊的星盟博愛之城裡正召開緊急會議。主宰星盟的議會祭司們一致認為必須通過懲罰星盟艦長來平定民心，星盟艦長被判處電刑。隨即先知秘密召集星盟艦長，表示有新任務安排他，來彌補上一場戰役的恥辱。星盟艦長接受了神風烈士的盔甲，奉命去絞殺散播謠言的叛徒。“先知在欺騙大家，啟動光環意味著毀滅宇宙”——這種愚蠢的謠言怎麼可以相信！
在空間站，神風烈士成功殺死異教徒首領。原來教唆異教徒散播謠言的正是神使-“343罪惡火花”。隨即先知派來的鬼面獸將343罪惡火花和神風烈士帶回博愛之城。神風烈士回到博愛之城，此時博愛之城已經利用空間遷躍技術從上一艘光環廢墟附近來到了新的光環旁邊。悲蒼先知的死讓精英們感到震驚。而鬼面獸也趁此機會打算替代精英們成為先知新的守護者。 先知堅持認為開啟光環可以用聖風席捲星際，救贖與星盟信念相同的萬物。在343罪惡火花的配合下，先知命令神風烈士去光環上取得關鍵鑰匙。在光環上的隔離區，米蘭達和約翰遜成功拿到開啟光環的鑰匙，但隨即被神風烈士搶走。塔塔羅斯出現後向神風烈士發射激光，神風烈士直墜入聖堂的深淵……原來先知下令完成任務後要殺死神風烈士。
在圖書館的最深淵所在，士官長、神風烈士、第二個光環的引導者2401懺悔切線、未死的悲愴先知全部湊在了一起。 用觸鬚綁著他們的是一隻奇怪的巨型生物——“屍腦獸”。 也正是它救了所有人。屍腦獸很可能是虫族的首領，它或許在宇宙中已經存活了數千年。從了解到的信息看來，為了消滅虫族。先行者這種智慧生物已經開啟過一次光環，這次開啟將包括先行者之內的萬物全部滅亡。但為何虫族卻存活了下來？因為虫族是一種寄生蟲需要食物才能存活，算一種媒介所以能存活只能讓她活活餓死，屍腦獸安排了新的任務給士官長和神風烈士。士官長被傳送到博愛之城，神風烈士被傳送到光環上。目的都是為了阻止光環的開啟。
在博愛之城，士官長遲來一步，真相先知與塔塔洛斯登上魅影號，米蘭達和約翰遜被鬼面獸抓捕著，他們成為了俘虜。 士官長未能及時搶回信物。從臨時前的憐憫先知那裡得知：真相先知正趕往城市中央的一艘先行者艦艇處。真相先知打算帶領星盟艦隊殺往地球。為了阻止虫族的追擊，科塔娜留在博愛之城裡。而士官長登上了先行者艦艇前往地球。在船上，士官長間斷地收到科塔娜最後發出的一絲信號。
科塔娜：“士官長，到地球後……祝你好運。”
士官長：“等我料理完先知之後，我會回來接你的。”
科塔娜：“別隨便對女生承諾事情……尤其是在你不確定的時候。”
被虫族吞噬後的博愛之城成了一座死城，屍腦獸俘虜了科塔娜。
在第二座光環上，神風烈士和約翰遜一起合作消滅了塔塔洛斯。 但之前塔塔洛斯已經開啟了光環。此時米連達及時將索引器移除，一陣劇烈的震動，一道光束髮射了出去。 343罪惡火花的解釋讓眾人大吃一驚：整個世界中有7個光環。新行者在設計光環時有一項故障防護協定：發生意外停機時，當前系統會進入待機狀態。其他所有的系統將會待命進行遠端啟動。這意味著，第二座光環的信息雖然被中斷了，但卻讓其他5座光環擁有了“遠端啟動”的能力。要想關閉光環，必須前往“方舟”。
Halo 3
士官長、約翰遜、神風烈士全部都回到了地球。為了阻止先知啟動光環，他們一行人成功的和米連達回合，並殺出重圍，沿著公路來到了星盟軍隊剛剛在地球上建立的基地上。當他們趕到基地時，星盟已經完成了挖掘工作，並成功的開啟了空間隧道。真相先知和信徒們駕駛著艦隊飛向空間隧道。那個黑洞模樣的隧道是新行者們在地球上設置的一道門。 只有通過這個空間隧道才可以到達方舟。很明顯先知打算前往方舟開啟剩餘的光環。
士官長攜眾人追擊，這時候人類和星盟精英族已經達成了共識：阻止先知開啟光環。進入空間隧道後，士官長來到了一個新的空間。這個空間有一個很奇怪的光環。 它事實上並非環狀，而是個六角型的“花瓣”，每一朵“花瓣”都是半截光環。這裡正是方舟，是7個光環的最終控制基地。
此刻，博愛之城墜落在方舟上。 這樣，先知、人類、虫族，各自懷著不同的目的，在這片神秘的土地上展開了最後一戰。在博愛之城的殘骸中，士官長找到了受損嚴重的科塔娜，完成了他對她的承諾。接著依靠科塔娜保留著的索引器，（2代中爭奪的信物）士官長關閉了方舟上的三個能源塔，這時候一個嶄新的光環從方舟的中央緩緩飛起，那是方舟的子光環，那裡將決定著所有光環的命運。
先知俘虜了約翰遜，逼迫他開啟最終光環，（似乎先行者是人類的遠古祖先，因此只有人類的掌紋才可以開啟光環。）情急當中米連達駕駛著一架運兵艦衝入現場，約翰遜請求米連達殺死兩人以阻止光環的啟動。米連達疑遲了一下，但卻被先知開槍殺死。虫族臨時決定幫助士官長和神風烈士，目的是為了阻止先知。及時趕到後神風烈士殺死了先知。由於先知已死，虫族無所顧及，因此短暫的聯盟關係破裂。隨即虫族追殺士官長他們。約翰遜駕駛運兵艦離開了，而士官長和神風烈士則通過別的途徑逃離了虫族追殺。
343罪惡火花引導士官長和神風烈士前往方舟的子光環控制室內，在控制室外約翰遜及時趕到。當士官長想毀滅光環時，343罪惡火花露出了猙獰的面孔。343罪惡火花宣稱自己是光環的主人，不允許任何人對光環做出破壞的行為。士官長、神風烈士及約翰遜均被343罪惡火花射出的激光擊中，最後士官長忍著重傷消滅了343罪惡火花。並開啟了光環自毀程序。約翰遜由於受傷嚴重，最終在士官長的懷中英勇死去。
光環自毀程序已經開啟。受傷的士官長和神風烈士逃離了子光環，並成功駕駛著飛艦離開方舟。在起飛的過程中士官長差點被甩出機艙外，或許是傷太重了。最後在科塔娜的注目下，士官長艱難地爬回了控制台。一片光芒中，方舟化為了碎片。很明顯，當方舟被摧毀了之後，其他光環將失去作用。世界上再也沒有其他光環可以威脅到宇宙萬物的生存了。 虫族也在那場爆炸出全部滅亡。 由於虫族特殊的生理結構導致它們失去首腦就無法生存，因此地球上剩餘的一些虫族小兵將活不長久。虫族在這場戰爭中全體被滅。
當地球上的戰士們滿懷希望的迎接士官長的歸來時，卻發現只有神風烈士走出了倉門....胡德統帥向神風烈士表達了敬意，並宣布將會在修建紀念碑。“我仍舊無法原諒你們的過錯，不要忘記這場戰爭是你們挑起的。不過……”胡德統帥對著神風烈士說道，“我很感謝你陪伴他戰鬥到最後一刻。”
在胡德統帥身旁的陣亡告示牌上，上面有約翰遜、有米連達、還有一些無名勇士的照片。鏡頭最終緩緩的落在了一處位置，上面寫著“斯巴達117”（斯巴達117是士官長的代號。這位人類最英勇的戰士為了自己的信念，為了世界的和平獻出了自己寶貴的生命。最終神風烈士和精英們離開地球，回到自己的故鄉。人類和星盟迎來了和平。
他們並不知道在最後的時刻，飛船穿越蟲洞時，突然關閉的蟲洞將飛船截成兩半。神風烈士飛回到了地球，但士官長和科塔娜則停留在了一個陌生的空間。科塔娜說已經發出求救信號，或許要幾年後才有回應或者永遠也沒有人收到回應。 士官長無奈之下只好進入冷凍倉進行冬眠，船緩慢地墜向了一個不知名星球....(可能會出續作或外傳@@?)